Cañizares bắt đầu sự nghiệp tại câu lạc bộ với Real Madrid năm 1988, ban đầu chơi với Real Madrid B. Sau đó anh chơi với Mérida UD và Celta Vigo, trước khi quay lại Real Madrid vào năm 1994. Cañizares đã chuyển đến Valencia năm 1998 để thay thế Andoni Zubizarreta, và ở lại đó từ thời điểm này. Anh đã góp phần giúp câu lạc bộ vào hai trận chung kết liên tục ở Champions League năm 2000 và 2001 và các danh hiệu La Liga năm 2002 và 2004.